FlashDevelpp3.2.1にアップデートして使ってたら
swfを書き出す時に「Cannot find output file」ってダイアログが出てくるようになった。
急いでる時とかとてもうっとしいので直したいと思いググッてたら。
下記のサイトで解決策がのっていた。
http://www.flashdevelop.org/community/viewtopic.php?f=6&t=6713&start=0

1：
下の画像の赤枠の部分をクリックして開く。

2：
そーするとプロジェクトのPropertiesの画面が開く。
Outputタブの中の
No output, only run pre / post build commands.
のチェックをはずす。

3：
で、Generalの中のOutput file:にswfファイルのパスを設定する。

4：
2:ではずしたチェックを元に戻す。
これでダイアログは出なくなりました。

場合によって最初セキュリティソフトから警告画面が出ますが
一回許可すればそのあとは問題なく使えました。